Influenza A aviaire et porcin

Influenza A aviaire et porcin

Discussion

Les biais de l’étude

Une étude peut comporter plusieurs biais, les biais de sélection, les biais d’observation, et les biais de confusion. Les biais de sélection résultent de la façon dont l’échantillon est choisi au sein de la population, ils peuvent conduire à ce que les sujets effectivement observés lors de l’enquête ne constituent pas un groupe représentatif des populations étudiées. Les biais d’observation ou de mesure résultent d’erreurs de mesure ou de mauvaise interprétation de cette mesure. Les biais de confusion sont liés à l’influence de tiers facteurs, appelés facteurs de confusion, sur les associations étudiées. Dans notre étude, les biais principaux sont des biais de sélection et d’observation, on ne peut pas étudier des biais de confusion n’ayant pas de résultat positif aux analyses RRT-PCR et donc n’ayant pas d’analyse statistique de facteurs de risque.

Biais de sélection

Le principal biais de sélection concerne l’établissement des listes d’élevages par les services vétérinaires des communes et des provinces sur lesquelles nous nous somme basés pour effectuer le tirage au sort. En effet, ils ont utilisé les listes de vaccination, or les élevages vaccinant ont sans doute des caractéristiques différentes (taille, type de production, niveau technique et de biosécurité…), et la vaccination implique une circulation du personnel vaccinant dans ces élevages, pouvant être un facteur de risque.
Un autre biais s’explique par le fait que les listes fournies contenaient des informations différentes et plus ou moins complètes selon les communes. A Ha Tay, il s’agissait de listes détaillées des élevages, alors qu’à Bac Giang seul un nombre d’élevages de porcs et/ou de truies par commune a été donné, d’où l’utilisation d’une méthode d’échantillonnage différente selon la province. Du fait de la disparité de ces listes, les élevages de truies (sans porc gras) ont été inclus dans la population source, cependant de façon concrète ces derniers n’ont pas été enquêtés.
Enfin, lors de la réalisation des prélèvements dans les élevages, nous n’avons pas été autorisés à prélever les truies gestantes, le protocole de départ concernant les truies n’a donc pas été respecté. De même pour les volailles, des difficultés se sont présentées car elles étaient souvent en liberté, donc, dans certains cas, les prélèvements des 15 volailles requises n’ont pas pu être effectués.

Biais d’observation

De manière générale, comme les entretiens se déroulaient en vietnamien, nous n’avons pas pu y participer pleinement, et de ce fait les réponses ont été soumises au jugement de l’interprète. Pour limiter ce biais un interprète scientifique avait été choisi, et le questionnaire avait été testé sur le terrain.
Cependant le recours à un autre interprète scientifique a été nécessaire, pour une dizaine d’élevages, or il n’avait pas testé préalablement le questionnaire. Les informations recueillies ont donc été de moins bonnes qualités et soumises à une interprétation peut-être plus subjective de ce second interviewer.

Table des matières

Introduction 
I. Filières porcine et avicole au Vietnam et contexte Influenza 
I.1. Présentation de la production porcine et avicole au Vietnam 
I.1.1. Présentation générale du Vietnam
I.1.2. Les productions porcine et avicole au Vietnam
a) Place des cheptels porcin et aviaire au Vietnam
b) Les systèmes de production porcine et avicole
I.2. Influenza A aviaire et porcin : caractéristiques virales et contexte en Asie du Sud Est 
I.2.1. Caractéristiques virologiques
a) Structure du virus
b) Des virus très évolutifs
I.2.2. Contexte épidémiologique et écologie des virus influenza A
a) Les sous-types porcins et aviaires en Asie du Sud Est
b) Cas de transmission de l’influenza A entre les porcs, les volailles, et l’Homme
I.2.3. Aspects cliniques et excrétion des virus influenza A
a) Chez les porcs
b) Chez les volailles
I.3. Objectifs
I.3.1. Objectifs de la thèse de C. Trévennec
I.3.2. Objectifs de l’étude virologique
II. Matériel et méthode
II.1. Zone d’étude 
II.2. Choix de la période d’étude 
II.3. Echantillonnage
II.3.1. Etude de viroprévalence
a) Population cible et population source
b) Taille d’échantillon
c) Tirage au sort
II.3.2. Etude basée sur la surveillance des maladies respiratoires porcines
a) Zone d’étude ciblée et population
b) Définition de cas
c) Déclaration des cas
d) Taille de l’échantillon
II.4. Elaboration du questionnaire
II.5. Prélèvements et collecte d’informations sur le terrain
II.5.1. Etude de viroprévalence
II.5.2. Etude basée sur la surveillance des maladies respiratoires porcines
II.6. Diagnostic et analyses en laboratoire
II.6.1. Diagnostic clinique dans les fermes avec symptômes respiratoires
II.6.2. Diagnostic avec le test Flu Detect Synbiotics® dans les fermes avec symptômes
II.6.3. Diagnostic de laboratoire
a) NIVR et essai inter laboratoire
b) Extraction d’ARN et RRT-PCR sur les écouvillons de porcs et de volailles
c) Culture et isolement viral par inoculation sur oeufs embryonnés
d) Sous-typage par inhibition d’hémagglutination
e) Analyse sérologique pour les fermes avec symptômes
II.7. Résultats attendus 
III. Résultats
III.1. Nombre de fermes et de prélèvements
III.2. Résultats des analyses de laboratoire
III.2.1. Résultats des tests rapides sur le terrain pour l’étude de surveillance
III.2.2. Résultats des RRT-PCR
III.2.3. Résultats sérologiques pour les fermes avec symptômes
III.3. Analyse statistique concernant la viroprévalence 
III.4. Epidémiologie des syndromes grippaux
III.4.1. Place et gestion des maladies respiratoires dans les élevages enquêtés
III.4.2. Commémoratifs des maladies respiratoires dans les élevages de porcs avec symptômes
IV. Discussion 
IV.1. Les biais de l’étude
IV.1.1. Biais de sélection
IV.1.2. Biais d’observation
IV.2. Hypothèses concernant les résultats négatifs 
IV.2.1. Echantillonnage et période de l’étude
IV.2.2. Réalisation et analyse des prélèvements
IV.2.3. Place de l’influenza porcin dans le complexe des maladies respiratoires porcines
IV.3. Propositions pour les études ultérieures
IV.3.1. Recommandations de la FAO concernant le virus H1N1 nouveau variant
IV.3.2. La surveillance avec définition de cas des maladies respiratoires porcines
a) Comment inciter les éleveurs et les vétérinaires à déclarer les cas ?
b) Comment établir une définition du cas suspect adaptée ?
IV.3.3. Etudes en abattoir
IV.3.4. Etude de cinétique
IV.3.5. Choix des méthodes d’analyse en laboratoire
Conclusion 
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES

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