La distribution spatiale des microorganismes

Table des matières

Chapitre I : Introduction générale
I. Le sol : une boîte noire à explorer
I.1. Définition
I.2. Milieu hétérogène
I.3. Ecosystème complexe
I.4. Les services écosystémiques fournis par le sol
I.5. Les enjeux actuels
I.6. L’Agroécologie
I.7. Conclusion
II. Matière organique : élément central de l’écosystème sol
II.1. Définition et rôle
II.2. Nature et composition
II.3. dynamique
II.4. Minéralisation et/ou séquestration
II.5. Conclusion
III. Les déterminants de la minéralisation de la MO et/ou de la séquestration
III.1. Les différents types de déterminants
III.2. Les déterminants proximaux
III.4. Les déterminants distaux : Le climat, les usages et pratiques culturales
III.5. Conclusion
IV. Les décomposeurs : acteurs de la transformation de la MO dans le sol
IV.1. Physionomies
IV.2. Métabolismes
IV.3. Répartition spatiale
IV.4. Diversité génétique
IV.5. phylogénie
IV.6. Vers une classification plus fonctionnelle des microorganismes
IV.7. Conclusion
V. Le PE : mécanismes générateurs, conséquences et hypothèses
V.1. Un phénomène intriguant : le « Priming Effect »
V.2. Mécanismes générateurs
V.3. Conséquences sur la séquestration du carbone et le recyclage des nutriments
V.4. Hypothèses de travail
V.5. Conclusion
VI. Le Contexte de Madagascar
VI.1. Diversité de paysages, climats et production végétales
VI.2. L’insécurité alimentaire
VI.3. Agriculture des Hauts plateaux
VI.4. Le projet CAMMiSolE
VI.5 Objectifs et réalisation de ce travail de thèse
Chapitre II : Soil microbial diversity drives the priming effect along climate gradients – A case study
I. Introduction
II. Materials and methods
II.1. Experimental site and soil sampling
II.2. Soil characterization
II.3. Molecular analyses of soil bacterial and fungal communities
II.4. Soil microcosm set-up and priming effect assessment
II.5. Total CO2 and 13C-CO2 measurements
II.6. Statistics
III. Results
III.1. Soil physicochemical properties
III.2. Abundance and diversity of bacterial and fungal communities
III.3. C-mineralization
IV. Discussion
IV.1. Stoichiometric decomposition vs nutrient mining
IV.2. Microbial actors of C-mineralization processes
IV.3. Climatic determinants of C-mineralization activities
V. Conclusion
Chapitre III : Conclusion générale