Table des matières
Introduction Générale
Etude Bibliographique
1.Origine géographique et histoire des Agrumes
2.Etude Botanique et description morphologique
2.1 La famille des Aurantioideae
2.2 Le groupe des Agrumes vrais
2.3 Le genre Citrus L.
2.3.1 Origine génétique des taxons de base
2.3.2 Origine génétique des variétés secondaires
3.L’information génétique chez les agrumes : Structure, Ploïdie et Mode de transmission
4.Importance économique et distribution géographique
4.1 A l’échelle mondiale
4.2 A l’échelle nationale
4.Les principales contraintes de l’agrumiculture
5.L’amélioration des agrumes
6.1 Principaux objectifs
6.2 Atouts et facteurs limitants
7.Application des marqueurs génétiques chez les Agrumes
7.1 Evolutions des techniques moléculaires et étude de la diversité génétique
7.2 Applications à l’étude des taux d’apomixie
7.3 Application aux études phylogénétiques
7.3.1 Phylogénie chloroplastique
7.3.2 Phylogénie nucléaire
7.4 Application à la cartographie génétique
7.5 Application à l’étude du déterminisme génétique des caractères (QTL)
8.Progrès récents dans le domaine de la génomique chez les Agrumes
8.1 Les séquences de référence complète du génome
8.2 Re-séquençage et décryptage des structures génomiques interspécifiques
8.3 Puce à ADNs et étude de l’expression du génome
8.4 Les promesses de la GBS pour un décryptage des structures génomiques
étendues à l’ensemble des collections et des populations recombinantes
Matériel & Méthodes
1.Matériel végétal et séquences utilisées
1.1 Analyse de l’espaceur intergénique trnL(UAA)-trnF(GAA)
1.2 Analyse basée sur les marqueurs moléculaires SNPs associée au génotypage par la PCR compétitive allèle-spécifique (KASPar)
1.2.1 Sélection des séquences chloroplastiques
1.2.2 Matériel végétal utilisé pour l’analyse des données KASPar
1.3 Analyse baseé sur la Technique de Génotypage par Séquençage (GBS)
2.Etude du polymorphisme moléculaire et méthodes utilisées
2.1 Amplification de l’espaceur intérgenique trnL(UAA)-trnF(GAA)
2.2 Le séquençage selon la technique de Sanger
2.3 Génotypage par la méthode KASPar™
2.4 La technique de génotypage par séquençage (GBS : Genotyping By Sequencing)
2.4.1 Préparation des librairies et séquençage
2.4.2 L’appel des génotypes SNPs et InDels
3.Analyse IN SILICO des séquences de l’espaceur intergénique trnL(UAA)- trnF(GAA)
3.1 Vérification de l’identité des séquences
3.2 Visualisation, correction et alignement des séquences
3.3 Identification et annotation des séquences du pseudogène trnF(GAA)
3.4 Taille, composition nucléotidique et identification des différents types de mutations au niveau des séquences étudiées
5.Identification et sélection des SNPs
5.Paramètres génétiques
5.1 Diversité haplotypique
5.2 Diversité nucléotidique
5.3 Le contenu informatif du polymorphisme (PIC)
5.4 La fréquence allélique F
5.5 Le taux d’hétérozygotie observé et attendue
5.6 Indice de fixation FIS de Wright
5.7 Analyse de la différenciation génétique
5.7.1 Indice de différentiation génétique FST
5.7.2 Indice de différentiation génétique GST
5.7.2.1 Méthode utilisée pour l’analyse des données KASPar
5.7.2.2 Méthode utilisée pour l’analyse des données GBS
5.7.3 Le coefficient de différenciation génétique NST
5.7.4 Flux de gènes et nombre de migrants efficaces Nm
5.8 Analyse cladistique
5.8.1 La méthode du plus proche voisin (NJ : Neighbor-joining)
5.8.2 La méthode de regroupement non pondéré par paire avec moyenne arithmétique : UPGMA
5.9 Analyse factorielle sur tableau de distances6
6.Etude de l’évolution moléculaire
6.1 Test de Tajima
6.2 Test de Fu & Li
6.3 Test de neutralité de Fu
Résultats & Discussions
Chapitre I : Etude du polymorphisme génétique, de la phylogénie et de l’évolution moléculaire de l‘espaceur intergénique trnL(UAA)-trnF(GAA) de l’ADN? chloroplastique chez les espèces tunisiennes du genre Citrus
1.Amplification de l’espaceur intergénique trnL(UAA)-trnF(GAA)
2.Séquençage de l’espaceur intergénique trnL(UAA)-trnF(GAA) de la région non codante chloroplastique
2.1 Vérification de l’identité des séquences par BLAST
2.2 Analyse in silico des séquences de l’espaceur intergénique trnL(UAA)-trnF(GAA)
2.2.1 Variation de la longueur et de la composition nucléotidique des séquences trnL(UAA)-trnF(GAA)
2.2.2 Diversité génétique
2.2.3 Analyse phylogénétique de l’espaceur trnL(UAA)-trnF(GAA)
2.2.4 Analyse du pseudogène trnF(GAA)
2.3 Evolution moléculaire
2.3.1 Les tests de Tajima’s et de Fu & Li
2.3.2 La statistique de Fu
2.3.3 Analyse de la différenciation génétique
Conclusion
Chapitre II : Elaboration d’une clé moléculaire taxonomique de la sous famille des Aurantioideae en utilisant les marqueurs moléculaires SNPs diagnostiques des principaux clades génotypés par la PCR compétitive allèle-spécifiqueIdentification des SNPs des clades spécifiques
2.Analyse KASPar
2.Utilité et complémentarité de l’analyse KASPar/SNPs diagnostiques par rapport à d’autres marqueurs moléculaires
Conclusion
Chapitre III : Révélation des structures interspécifiques C. maxima/C. reticulata au niveau des génomes des variétés de mandariniers modernes et des hybrides de mandariniers par la technique du Génotypage par Séquençage (GBS)
1.Recherche des marqueurs diagnostiques de la différenciation de C. maxima /C. reticulata
2.Appel des génotypes et diversité variétale
Diversité entre les mandarines et les pamplemousses et recherche de polymorphismes diagnostiques de la différenciation de C. reticulata/C. maxima
3.Introgression interspécifique chez les variétés représentatives des mandarines et des pamplemousses
4.Structure phylogénomique des variétés modernes
5.1 Validation de l’approche GBS pour décrypter les structures phylogénomiques par l’analyse de quatre variétés précédemment analysées par WGS (Wu et al., 2014)
5.2 Les structures phylogénomiques des variétés représentatives des taxons de base C. reticulata et C. maxima
5.3 Les structures phylogénomiques des mandarines hybrides, tangors, tangelos, pomelos et orangelos
Conclusion
Discussion et Conclusions générales & Perspéctives
Références Bibliographiques
Annexes
