Les ARNs satellite du cucumber mosaic virus

Table des matières

RESUME
ABSTRACT
REMERCIEMENTS
TABLE DES MATIERES
LISTE DES ILLUSTRATIONS
LISTE DES ABREVIATIONS
INTRODUCTION GENERALE
INTRODUCTION BIBLIOGRAPHIQUE
1.Définition et classification des satellites
2.Effet du satellite sur le virus assistant
2.1. Effets des satellites sur la pathogénie
2.2. Effets des satellites sur la fitness du virus
3.Facteurs impliqués dans le maintien d’un satellite par un virus
3.1. La réplication du satellite
3.2. La co-infection cellulaire
3.3. Le mouvement de cellule à cellule et à longue distance des satellites
3.4. La transmission
4.Un modèle d’étude original : le TYLCV et les satellites de begomovirus
4.1. Le TYLCV
4.2. Les satellites des begomovirus
5.Objectifs de la thèse
CHAPITRE I : ANALYSE QUALITATIVE ET QUANTITATIVE DES ADN DU TYLCV ET DES SATELLITES MAINTENUS DANS LES PLANTES AU COURS DU TEMPS
Introduction
2.Infectivité des satellites avec le CLCuGV et le TYLCV
2.1. Matériel et méthodes
2.2. Résultats
2.3. Discussion
3.Article 1: Assessing the capacity of Tomato yellow leaf curl virus Mild strain to maintain two alphasatellites and a betasatellite
4.Analyse qualitative des formes d’ADN viral et de satellites accumulées au cours de l’infection
4.1. Matériel et méthode
4.2. Résultats
4.3. Conclusion
Discussion
CHAPITRE II : COMPARAISON DE L’EFFET D’UN BETASATELLITE SUR DEUX SOUCHE DU TYLCV PRESENTES EN MEDITERRANEE (LE TYLCV MLD ET TYLCV-IL)
Contexte et objectif
Article 2 Differential impact of Cotton leaf curl Gezira betasatellite on within-host DNA accumulation of Israel and Mild strains of Tomato yellow leaf curl virus
Comparaison des dynamiques d’accumulation du TYLCV-Mld, du TYLCV-IL et du CLCuGB dans la tomate entre 18 et 150 dpi
Conclusion
CHAPITRE III: LOCALISATION CELLULAIRE DU TYLCV-MLD, DES SATELLITES BETA ET ALPHA PAR LA METHODE D’HYBRIDATION IN SITU EN FLUORESCENCE (FISH)
Introduction
2.Matériel et méthodes
2.1. Le matériel végétal, et les conditions d’inoculation
2.2. Quantification des ADN du virus et des satellites par qPCR
2.3. Préparation des sondes
2.4. Préparation des tissus
2.5. Détection et visualisation des cibles
2.6. Mise au point des conditions d’acquisition des images
3.Résultats
3.1. La spécificité des sondes
3.2. Identification des tissus infectés par le TYLCV et les satellites
3.3. Mise en évidence des différents profils d’infection au niveau cellulaire
3.4. Test de la corrélation de l’intensité des marquages TYLCV et satellite au niveau cellulaire.
3.5. Fréquence de détection des différents profils d’infection dans les cellules infectées
Discussion
CHAPITRE IV : MISE AU POINT DES OUTILS POUR LE CALCUL DE LA MOI DU TYLCV
Introduction
2.Matériel et méthodes
2.1. Construction des variants de TYLCV
2.2. Infectivité des variants
2.1. Équicompétitivité des variants
2.2. Mise au point des sondes et observation au microscope confocal
3.Résultats
3.1. Mutagénèse des clones TYX
3.2. Spécificité des amorces de détection par qPCR
3.1. Infectivité des variants
3.2. Equicompétitivité des variants
3.3. Mise au point des sondes et observation au microscope confocale
Discussion et perspectives
CHAPITRE V : MISE AU POINT D’AMORCES GENERIQUES POUR LA DETECTION DE BETASATELLITES
1.Introduction
2.Matériel et méthodes : Définition du jeu de séquences de betasatellites
3.Résultats
3.1. Un jeu de séquences comportant beaucoup d’erreurs
3.2. Une grande diversité des effectifs pour chaque espèce
3.3. La capacité de détection des amorces de Briddon.
3.4. Définition de nouvelles amorces universelles pour la détection des beta satellites
3.5. Le design des amorces pour les espèces du « out group »
Discussion et perspectives
DISCUSSION GENERALE
ANNEXE
BIBLIOGRAPHIE