Les îles volcaniques simples

Table des matières

INTRODUCTION
1.- Île et insularité
1.1- L’île, entitée complexe et multifacette
1.2- Province biogéographique Indo-Pacifique et biodiversité
1.2.1- Où il est question de biogéographie des îles
1.2.2- de phylogéographie
1.2.3- de courants marins … et de dispersion
2.- Contexte et problématique
2.1.- Le contexte de l’étude
2.2.- Problématique et objectifs
CHAPITRE 1- MATÉRIELS ET MÉTHODES
1.- Modèles de l’étude
1.1- Modèle géographique
1.2- Modèle biologique
1.2.1- Groupe biologique
1.2.2- Echantillonnage
2.- Analyses moléculaires
2.1- Choix des gènes
2.2- Extraction des ADN totaux
2.2.1- Digestion enzymatique
2.2.2- Extraction
2.3- Amplification par PCR et séquençage
2.3.1- Les amorces
2.3.2- L’amplification
2.4- Nettoyage et alignement des séquences
2.4.1- Vérification et nettoyage
2.4.2- Alignement des séquences
2.5- Analyse des données
2.5.1- Reconstruction phylogénétique à partir de données moléculaires
2.5.2- Les méthodes probabilistes
2.5.3- La méthode bayésienne
2.5.3.1- Le théorème de Bayes
2.5.3.2- L’inférence bayésienne de la phylogénie
2.5.4- L’outil « Automatic Barcode Gap Discovery » (ABGD)
2.5.5- Structuration géographique des populations
2.5.5.1- Génétique des populations
2.5.5.2- Analyse de la structure spatiale des populations
3.- Analyses sclérochronologiques des structures calcifiées
3.1- L’opercule comme outil
3.2- Marquage vital
3.2.1- Marquage au chlorure de manganèse (MnCl2)
3.2.2- Marquage à l’alizarine
3.3- Préparation des opercules
3.4- Microanalyses chimiques par couplage ablation laser femtoseconde–ICP-MS
3.4.1- Généralités
3.4.2- Analyses microchimiques
3.5- Analyse des données
3.5.1- Observation par cathodoluminescence
3.5.2- Observation par microscopie de fluorescence
3.5.3- Observation par spectroscopie infrarouge
3.5.4- Observation par spectroscopie Raman
4.- Analyses morphométriques
CHAPITRE 2- NERITIDAE D’EAU DOUCE, QUEL CYCLE DE VIE ?
1.- L’amphidromie, un cycle biologique complexe
2.- L’amphidromie chez les nérites dulçaquicoles
2.1- Type larvaire et développement
2.2- État des connaissances sur l’amphidromie des nérites
2.2.1- Introduction
2.2.2- Taxinomy and distribution
2.2.3- Reproduction
2.2.4- Larval dispersal
2.2.5- Phylogeography and barriers to dispersal
2.2.6- Recruitment and upstream migration
2.2.7- Conservation
CONCLUSION