Les séquences de Zygomycètes

Table des matières

REMERCIEMENTS
SOMMAIRE
LISTE DES FIGURES
LISTE DES TABLEAUX
Introduction
Matériels et méthodes
1.Description des sites d’étude
2.Matériels biologiques
2.a. Echantillons de bois morts
2.b. Préparation des broyats et extraction de l’ADN
3.Séquençage de type Sanger relatif au dispositif de piégeage fongique constitué d’éprouvettes standardisées
3.a. Amplification par PCR
3.b. Electrophorèse en gel d’agarose
3.c. Séquençage Sanger des produits de PCR et analyse des séquences
4.Métagénomique ciblée à partir de l’ADN extrait des fragments de bois morts du dispositif d’échantillonnage aléatoire
4.a. Design des primers de PCR et Préparation de la librairie de séquençage par PCR
4.b. Séquençage Illumina MiSeq et analyse bio-informatique
Résultats
1.Dispositif de piégeage fongique : analyse des données de Séquençage Sanger
1.a. Analyse des produits de PCR sur gel d’électrophorèse
1.b. Alignement des séquences des produits de PCR et assignation taxonomique
1.c. Affiliation des OTUs à des lignées fongiques
1.d. Obtention de séquences et durabilité des bois
2.Dispositif d’échantillonnage aléatoire de bois mort : analyse des données de séquençage Illumina
2.a. Contrôle qualité des échantillons d’ADN environnemental
2.b. Contrôle qualité des produits de PCR
2.c. Analyse et alignement des séquences
Conclusion et perspectives
1.a. Discussion – Conclusion
1.b. Perspectives
2.Références bibliographiques
ANNEXES
RESUME
SUMMARY