MECANISMES DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES

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Les fosses nasales et les sinus

Ceux-ci constituent avec le cavum une unité anatomique qui représente la partie purement aérienne des voies aéro-digestives supérieures. L’infection de l’un de ces éléments risque de retentir sur les autres parties de cet ensemble (cf. figure 2 et 3).
 Les fosses nasales
Elles forment deux cavités situées au milieu du massif facial supérieur, sous la partie médiane de l’étage antérieur de la base du crâne, séparées par une cloison sagittale, et protégées en avant par un auvent appelé pyramide nasale. Leur paroi latérale joue un rôle considérable dans la physiologie respiratoire grâce aux cornets qui augmentent considérablement la surface muqueuse et protègent les méats. Dans le méat moyen débouchent les sinus antérieurs, et dans le méat inférieur le canal lacrymal.
La muqueuse nasale a une fonction olfactive et respiratoire.
 Les sinus de la face
Ils constituent un ensemble de cavités pneumatiques dérivées des fosses nasales, creusées à la périphérie des cavités orbitaires.
Il y a quatre types de sinus :
 Le sinus maxillaire : l’ostium se situe à la partie supéro-médiale de la cavité sinusienne, expliquant son éventuel mauvais drainage.
 Les cellules ethmoïdales : elles sont situées entre la partie haute des fosses nasales et l’orbite.
 Le sinus sphénoïdal : il est situé en haut et en arrière des fosses nasales, sous l’étage moyen de la base du crâne.
 Le sinus frontal : Le développement varie beaucoup d’un sujet à l’autre et chez un même sujet d’un côté à l’autre. L’agénésie n’est pas exceptionnelle.

Le pharynx, le larynx et le voile du palais 

 Le pharynx
C’est un conduit musculo-membraneux, disposé verticalement en avant de la colonne cervicale, derrière la face, étendu de la base du crâne à la partie supérieure du cou. Il constitue un large vestibule où se croisent la voie respiratoire et la voie digestive.
La partie supérieure du pharynx constitue le cavum nasopharyngien ou rhinopharynx. L’oropharynx, centre du carrefour aéro-digestif, correspond à la partie postérieure de la cavité buccale et comprend, de chaque côté, la loge de l’amygdale palatine, entre les deux piliers du voile. L’hypopharynx, situé devant les 5ème et 6ème vertèbres cervicales, au-dessous de l’oropharynx, est séparé de lui par un plan fictif passant par l’os hyoïde. C’est une région essentiellement digestive mais dont l’atteinte peut engendrer des troubles respiratoires.
 Le larynx
C’est un tube coudé et rétréci à la partie moyenne, constituant la partie supérieure de la trachée. Il a trois fonctions :
respiratoire, lorsque les cordes s’écartent.
phonatoire, lorsque celles-ci se rapprochent.
sphinctérienne en constituant une barrière de protection pour la trachée.
 Le voile du palais
Cette cloison musculo-membraneuse sépare les portions nasale et buccale du pharynx.

Aspects cliniques des infections ORL

Angines 

L’angine est une inflammation du pharynx et/ou de ses annexes lymphoïdes, qui se manifeste par une douleur constrictive de la gorge spontanée ou augmentée à la déglutition, un érythème, et à des degrés divers d’intensité et de fréquence, de la fièvre et une hypertrophie ganglionnaire locorégionale.
Ce syndrome concerne prioritairement l’enfant de plus de 2 ans et l’adulte de moins de 40 ans. La grande majorité des angines sont érythémateuses ou érythématopultacées. Les angines ulcéreuses et pseudomembraneuses sont beaucoup plus rares. Elles doivent entraîner une prise en charge particulière en raison d’étiologies spécifiques.
Les angines érythémateuses et érythématopultacées sont causées par le streptocoque A dans 15 à 25 % des cas chez l’adulte et dans 25 à 50 % des cas chez l’enfant, notamment à l’occasion d’endémies.
Plus rarement, les streptocoques C, G et F peuvent entrainer une angine.
Plus de la moitié des angines sont d’étiologie virale.

Rhino-pharyngites

La rhinopharyngite est la première pathologie infectieuse de l’enfant et la première cause de consultation en pédiatrie. Son incidence est plus élevée chez l’enfant, particulièrement en âge préscolaire, que chez l’adulte. Elle est définie comme une atteinte inflammatoire de l’étage supérieur du pharynx (Rhinopharynx) à laquelle vient s’associer de façon variable une atteinte nasale. Elle est principalement d’origine virale et reste une pathologie bénigne, d’évolution spontanément favorable en 7 à 10 jours.

Les otites 

 Les otites aiguës
C’est une pathologie inflammatoire ou infectieuse de l’oreille externe ou de l’oreille moyenne.
Si les otites externes surviennent à tout âge, les otites moyennes aiguës sont essentiellement observées chez l’enfant, en particulier avant l’âge de 3 ans.
Elles sont plus rares chez l’adulte mais les séquelles fonctionnelles auditives et/ou infectieuses d’otites de l’enfance peuvent persister à l’âge adulte sous la forme d’une otite chronique.
L’otite moyenne aiguë de l’enfant
C’est une complication infectieuse la plus commune de l’enfance.
Environ 70% des enfants font une otite aiguë avant l’âge de 3 ans. La survenue d’un premier épisode avant l’âge de 3 mois est un facteur pronostic péjoratif en ce qui concerne le risque de récidives et de survenue d’une otite chronique.
Le sexe mâle et la vie en collectivité sont des facteurs de risques reconnus de survenue et de récidive des otites aiguës.
La survenue d’un épisode de rhinopharyngite virale et le dysfonctionnement de la trompe d’Eustache qui en résulte sont les facteurs déclenchant de l’infection de l’oreille moyenne.
Il est établi que ce sont les germes situés dans le rhinopharynx qui, en colonisant l’oreille moyenne, déterminent la survenue d’une otite.
Les germes responsables d’otite moyenne aiguë (OMA) sont essentiellement Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae.
Chez l’enfant de moins de trois mois la fréquence des otites à Pseudomonas aeruginosa et à Staphylococcus aureus justifie la pratique d’une paracentèse.
L’otite moyenne aiguë de l’adulte
Elle est le plus souvent unilatérale. Le diagnostic est facile devant une otalgie importante, pulsatile, associée à une baisse de l’audition et à une température supérieure à 38° C.
Ces otites sont le plus souvent dues à Haemophilus influenzae ou à Staphylococcus aureus.
 Les otites chroniques
L’otite moyenne chronique (OMC) est une inflammation de l’ensemble des cavités de l’oreille moyenne prolongée au-delà de trois mois. Le caractère extrêmement vague de cette définition traduit bien la complexité de cette maladie qui reste aujourd’hui encore au centre des préoccupations des otologistes.
Malgré les multiples facettes sous laquelle elle se présente chez l’adulte et malgré le caractère multifactoriel de sa pathogénie, l’OMC peut être conçue comme l’équivalent d’un trouble de cicatrisation d’une blessure auriculaire de l’enfance qui, pour des raisons encore mal connues, se différencie en un certain nombre de tableaux cliniques bien différents (l’otite muqueuse à tympan ouvert, l’otite cholestéatomateuse).
La culture de l’otorrhée purulente montre la prédominance régulière de trois bactéries aérobies : Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et Proteus mirabilis.
 Les otites externes
C’est une pathologie inflammatoire ou infectieuse de la peau du conduit auditif externe.
Elle se manifeste par une douleur intense irradiant à la joue et au cou associé à un écoulement purulent.
Les germes responsables sont Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus.
Les mycoses du conduit auditif sont particulièrement fréquentes dans les pays tropicaux et en période estivale. Elles se manifestent par un prurit et un écoulement.
À l’examen, le conduit est comblé par des formations filamenteuses blanches ou noires. Le prélèvement effectué en cas de doute montre la présence de Candida albicans ou d’Aspergillus niger.

Les sinusites

Les sinus de la face sont tapissés d’une muqueuse de type respiratoire.
Leur infection par des bactéries est responsable d’une sinusite.
Les rhinites virales ou coryza sont le phénomène initiateur le plus fréquent des sinusites aiguës. D’autres facteurs tels qu’une déviation de cloison, une infection dentaire ou une polypose naso-sinusienne prédisposent à l’infection des sinus.
 Les sinusites aiguës
Les sinusites aiguës sont une complication des rhinopharyngites virales. Il est probable que l’altération de la clairance muco-ciliaire et les lésions muqueuses secondaires à une infection virale favorisent la réplication bactérienne.
Une sinusite aiguë peut également être l’extension directe d’une infection dentaire ou chronique d’une molaire ou d’une prémolaire du maxillaire supérieur. La sinusite est alors dite unilatérale et s’accompagne d’une rhinorrhée fétide et parfois d’une inflammation cutanée en regard. En l’absence de soins dentaires, l’évolution de la sinusite se fait vers la chronicité.
Les germes responsables des sinusites aiguës sont essentiellement Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae chez l’adulte. La présence des germes anaérobies est surtout fréquente au cours des sinusites d’origine dentaire.
 Les sinusites chroniques
Le développement d’une sinusite chronique est classiquement rapporté à la répétition et à l’insuffisance de traitements d’épisodes de sinusite aiguë. Il est favorisé par des facteurs locaux (mycose, corps étrangers), régionaux (foyer infectieux dentaire) ou généraux (terrain immuno-déprimé).
Le diagnostic de sinusite chronique est difficile et est souvent rapporté à tort chez un patient présentant des céphalées ou des douleurs de la face.
Une sinusite chronique en dehors d’une poussée de réchauffement est soit asymptomatique, soit se manifeste par une rhinorrhée purulente antérieure et/ou postérieure, une obstruction nasale et parfois une sensation de plénitude de la face.
Les germes en cause sont multiples : Streptococcus pneumoniae,
Haemophilus influenzae, streptocoques alpha et bêta hémolytiques,
Staphylococcus aureus.
Des bacilles à Gram négatif en particulier Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae et Proteus mirabilis.
Des germes anaérobies, seuls ou en association à des germes aérobies, sont retrouvés dans 30 à 50% des prélèvements.

Laryngite 

C’est une inflammation du larynx pouvant siéger à l’étage sous-glottique, sus-glottique ou au niveau de l’orifice glottique. De nombreux virus, et parfois bactéries, peuvent pénétrer dans le corps par la gorge et infecter rapidement le larynx.

Autres formes cliniques 

Adéno-phlegmons : Inflammation avec suppuration (abcès) au niveau d’un ganglion lymphatique et s’étendant au tissu cellulaire voisin.
Cellulites : La cellulite cervico-faciale est une infection poly microbienne du tissu cellulo-adipeux ayant une tendance extensive.

Germes en causes

Rappels épidémiologiques 

De nombreuses études à travers le monde ont montré que :
Dans les otites moyennes aigues: Haemophilus influenzae est le germe le plus fréquemment isolé suivi de Streptococcus pneumoniae et de Moraxella catarrhalis.
Dans les sinusites aigues la même tendance est observée.
Il faut cependant noter que les bacilles à Gram négatif et staphylocoques sont très rarement isolés dans ces types de pathologies.
Le nombre de décès dû aux infections respiratoires aiguës chez les enfants de moins de 5 ans dans le monde est estimé actuellement à 1.900.000/an. Les infections respiratoires aiguës sont les infections les plus fréquentes de l’enfant. Elles sont la cause de 30 à 40% des hospitalisations d’enfants.
Les pneumonies et broncho-pneumonies représentent 70 – 80% des admissions pour infections respiratoires aiguës.

Principales bactéries

Haemophilus influenzae 

H. influenzae appartient à la famille des Pasteurellaceae et fait partie de la flore normale des muqueuses des voies respiratoires supérieures de l’enfant et de l’adulte.
H. influenzae est avant tout responsable d’infections communautaires de la sphère ORL de l’enfant et de l’adulte et de surinfections broncho-pulmonaires de l’adulte (plus rarement de l’enfant lors de différentes anomalies, dilatation de bronches, mucoviscidose). Ces infections sont provoquées par des souches non capsulées, exceptionnellement par des souches capsulées.
H. influenzae se place en tête avec le pneumocoque et est responsable d’une pathologie communautaire en l’occurrence la pneumonie à tous les âges de la vie.

Moraxella catarrhalis

M. catarrhalis appartient à la famille des Moraxellaceae. Il est strictement humain et fait partie de la flore commensale du nez et du rhino-pharynx.
M. catarrhalis est responsable d’infections aiguës localisées telles que l’otite moyenne, la sinusite et des broncho-pneumopathies qui peuvent être mortelles, de maladies systémiques incluant endocardites et méningites. Il est aussi responsable de plusieurs cas d’infections respiratoires basses chez les patients âgés souffrant d’une obstruction pulmonaire chronique, d’une bronchite chronique ou d’une pneumonie franche.

Les streptocoques 

Streptococcus pneumoniae et Streptococcus pyogenes appartiennent à la famille des Streptococcaceae.
 Streptococcus pneumoniae
Le pneumocoque est un des hôtes normaux des voies respiratoires supérieures de l’homme. Il se transmet d’homme à homme par voie aérienne. On ne le trouve pas dans la nature et très rarement chez l’animal qui est, dans ce cas, contaminé par l’homme.
La pneumonie franche lobaire aiguë est la plus classique des pneumococcies ; elle cède bien aux traitements antibiotiques mais reste redoutable chez le sujet âge ou immunodéprimé.
Parfois l’infection respiratoire à pneumocoque est une bronchite catarrhale grave chez le nourrisson (bronchite capillaire), le vieillard ou l’immunodéprimé.
Les séreuses peuvent être infectées : pleurésie avec risque d’empyème, péricardite, synovite ou péritonite.
Le pneumocoque est également responsable d’autres infections ORL (otites, mastoïdites, sinusites, angines, pharyngites et laryngites). Ces infections sont plus fréquentes chez l’enfant.
La bactérie peut atteindre les méninges par contiguïté ou par voie hématogène provoquant une méningite purulente d’évolution souvent sévère ou compliquée par la survenue de cloisonnements de l’espace sous-arachnoïdien.
Le pouvoir pathogène du pneumocoque dépend de la présence de la capsule qui le rend résistant à la phagocytose. En se fixant à la capsule, les anticorps protecteurs rendent la phagocytose plus facile (ce sont des opsonines).
 Streptococcus pyogenes
Le streptocoque bêta-hémolytique du groupe A est la principale cause d’infections à streptocoque chez l’homme mais on peut en trouver dans la gorge des sujets bien portants.
Les streptococcies aiguës sont bénignes ou sévères mais sont susceptibles d’occasionner des affections non suppuratives redoutables en pathologies auto-immunes regroupées sous l’appellation de syndromes post-streptococciques telles que le rhumatisme articulaire aigu (RAA), la glomérulonéphrite aiguë (GNA) entre autres.

Pseudomonas aeruginosa 

Pseudomonas aeruginosa est l’espèce bactérienne dont l’habitat est le plus vaste. Il vit à l’état saprophyte dans l’eau et les sols humides ou à la surface des végétaux mais résiste mal à la dessiccation. Il vit également à l’état commensal dans l’intestin de l’homme et des animaux. Plus rarement, il est isolé de la peau et des muqueuses de l’homme et des animaux.
Pseudomonas aeruginosa peut être impliqué dans des infections communautaires et c’est l’un des germes le plus fréquemment isolé lors d’infections nosocomiales. À lui seul, il représente environ 90% de toutes les espèces de Pseudomonas spp. isolées au laboratoire.
Il est le prototype des bactéries pathogènes opportunistes et il est isolé d’infections très diverses.

Les entérobactéries 

La famille des Enterobacteriaceae comprend de plusieurs genres et espèces ( exemple : Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes etc.) et sont définies comme des bacilles à Gram négatif mobiles grâce à une ciliature péritriche ou immobiles, aéro-anaérobies facultatifs, se développent aisément sur des milieux ordinaires, fermentent le glucose, sont dépourvus d’oxydase, possèdent en général une catalase et réduisent les nitrates en nitrites, poussent facilement sur les milieux ordinaires en 24 heures à 37°C sur milieux gélosés. Les colonies sont habituellement lisses, brillantes ou parfois rugueuses. Leurs exigences nutritionnelles sont en général réduites et la plupart se multiplient en milieu synthétique avec comme source de carbone simple comme le glucose.

Les bactéries anaérobies 

Elles peuvent être retrouvées dans les infections ORL tels que Bacteroides fragilis, ainsi que Fusobacterium, qui, associé à un spirochète est responsable de l’angine de Vincent.

Les champignons 

Ils peuvent être à l’origine d’infections ORL. Il y a l’aspergillose des fosses nasales et des cavités annexes, due à Aspergillus fumigatus avec un début est marqué par une rhinite vaso-motrice suivie d’un tableau de rhino-sinusite purulente. Il y a également les otomycoses telles que la candidose du conduit auditif externe due à Candida albicans et l’aspergillose du conduit auditif externe due à Aspergillus niger.

Les virus 

Les infections respiratoires virales représentent environ 70% des causes d’infections respiratoires aiguës.
La gravité d’une infection virale est fonction du virus respiratoire et d’une susceptibilité individuelle des agents de surinfection. De manière générale, les bactéries sont surtout des agents de surinfection.
Les virus les plus fréquemment retrouvés sont : le rhinovirus, le virus syncitial respiratoire, le virus para influenzae 2 et l’adénovirus.
Les virus plus rarement retrouvés sont : le virus influenzae B et le virus para influenzae 1.
Ces virus peuvent provoquer des manifestations respiratoires associées à d’autres manifestations cliniques.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE: GENERALITES
I- GENERALITES SUR LES INFECTIONS DE LA SPHERE ORL
I-1. DEFINITION
I-2. DESCRIPTION ANATOMIQUE
I-2-1. L’OREILLE
I-2-2. LES FOSSES NASALES ET LES SINUS
I-2-3. LE PHARYNX, LE LARYNX ET LE VOILE DU PALAIS
I-3. ASPECTS CLINIQUES DES INFECTIONS ORL
I-3-1. ANGINES
I-3-2. RHINO-PHARYNGITES
I-3-3. LES OTITES
I-3-4.LES SINUSITES
I-3-5. LARYNGITE
I-3-6. AUTRES FORMES CLINIQUES
I-4. GERMES EN CAUSE
I-4-1. RAPPELS EPIDEMIOLOGIQUES
I-4-2. LES PRINCIPALES BACTERIES
I-4-2-1. Haemophilus influenzae
I-4-2-3. Les streptocoques
I-4-2-4. Pseudomonas aeruginosa
I-4-2-5. Les entérobactéries
I-4-2-6. Les bactéries anaérobies
I-4-3. LES CHAMPIGNONS
I-4-4. LES VIRUS
I-5. RESISTANCE BACTERIENNE
I-5-1. LES DIFFERENTS TYPES DE RESISTANCE
I-5-2. SUPPORT GENETIQUE
I-5-2-1. Résistance chromosomique
I-5-2-2. Résistance extra-chromosomique
I-5-3. MECANISMES DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES
I-6. EVOLUTION DE LA SENSIBILITE DES DIFFERENTS GERMES
I-6-1. Haemophilus influenza
I-6-2. Moraxella catarrhalis
I-6-3. Streptococcus pneumonia
I-6-4. Streptococcus pyogenes
I-6-5. Pseudomonas aeruginosa
I-6-6. Entérobactéries
DEUXIEME PARTIE: TRAVAIL PERSONNEL
I- CADRE DE L’ETUDE
II- OBJECTIFS DE L’ETUDE
III- MATERIELS ET METHODES
III-1. MATERIELS
III-1-1. POPULATION D’ETUDES
III-1-2. MATERIELS
III-2. METHODOLOGIE
III-2-1. PRELEVEMENTS
III-2-2. ANALYSES BACTERIOLOGIQUES
IV-RESULTATS
IV-1. POPULATION D’ETUDE
IV-2. BACTERIOLOGIE
IV-3. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
V-DISCUSSION
RECOMMANDATIONS
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE

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