Description des procédures mises en place pour réduire les biais

Description des procédures mises en place pour réduire les biai

Par une analyse systématique, il se posait le problème du biais de suivi : pour chaque catégorie, des données venaient à manquer. L’absence de précision pour un critère a été maitrisée par une réduction de l’effectif pour le critère étudié. Cependant, pour 5 cas publiés comme souffrant d’un déficit en TTC7A, nous n’avions aucun renseignement concernant génotype. Nous les avons tout de même considérés et intégrés à nos analyses statistiques car ils appartenaient à la fratrie de sujets ayant une mutation du gène TTC7A connue, et avaient des signes cliniques évocateurs [6, 9,10].

Calcul de l’effectif nécessaire de l’étude

Cette étude était une revue de la littérature de manière systématique.

Description et justification des modalités de variables quantitatives

La durée de survie a été calculé en mois, ainsi que l’âge du décès. La présence de signes anténataux, ainsi que le moment de leurs apparitions a était présenté en semaine d’aménorrhée si prénatal ; ou en jours ou mois si post natal. Lorsqu’il y avait une donnée auxologique, celle-ci était recalculée en percentile par les courbes Audipog en fonction du terme de naissance et par les courbes de croissance auxologiques pédiatriques, établies en collaboration avec MF Rolland-Cachera (INSERM) et l’Association pour la Prévention et la prise en charge de l’Obésité en Pédiatrie (APOP) et validée par le Comité de Nutrition (CN) de la Société Française de Pédiatrie (SFP).La date de diagnostique des différents signes cliniques était datée en jours de vie. Concernant le déficit immunitaire, le nombre de Leucocyte, de lymphocytes B et T ainsi que des sous catégories T CD3,CD4,CD8, et les autres lignes cellulaires étaient relevées en G/L ou X10^3/µL. Le nombre d’immunoglobine ( igA, IgM, igG) était relevé en mg/dL. La capacité de prolifération était relevée en % par rapport à la norme mesuré par le test PHA dont la norme était supérieure à 50 cpm x 10^-3.

Concernant l’évolution, l’âge de diagnostique de retard de croissance et éventuellement l’âge de rattrapage de croissance, celui du début et de fin de nutrition entérale et parentérale totale ainsi que le moment des complications digestives ou septiques étaient calculé en mois.

Aspects éthiques et réglementaires

Le recueil de cette étude a était fait grâce à des études déjà publiées sur Pubmed.

Analyse statistique

Les analyses statistiques ont été réalisées grâce au logiciel BiostatTGV : https://biostatgv.sentiweb.fr. La médiane a été préférée à la moyenne pour les données n’ayant pas une distribution normale.

Données concernant le critère principal d’évaluation et les autres critères d’évaluation

Données démographiques : (Référence : tous articles) :
Le sexe ratio était de 1 (30M / 30 F / 20 non précisés). Cette maladie touchait tous les continents hormis l’Océanie, et il existait une prédominance de cas au Canada, potentiellement témoin d’un effet fondateur [1] avec 14 cas franco-canadiens soit 32,5% des cas. 17 cas européens ont ensuite été identifiés soit 39,5% des cas (dont 3 italiens, 3 cas des pays de l’Est, un norvégien, un méditerranéen, un anglais). Dans le reste du monde, il y avait 4 cas en Asie soit 9,3% (Moyen Orient et Asie centrale), 6 cas en Afrique soit 13,9% (Afrique du Nord et Afrique noire), un cas issu de parents Irlandais et Ashkenazi soit 2,35%, et un autre issu de mère caucasienne et de père soudanais. La présence d’une consanguinité était confirmée dans 23 cas sur 60 précisés, soit 39% des cas.

Génotypes

Le génotype a était déterminé dans 75 cas :
– Homozygote dans 44 cas, soit 58,6 % des génotypes déterminés. Dans les 19 cas, les mutations non sens étaient détaillées comme suit : 7 décalage du cadre, 5 arrêts de gain et 6 longues délétions, ainsi qu’une suppression de l’intron 14 à 15 associé à la suppression de l’intron 11 à 15 créant un saut d’exon homozygote [20]. D’autre part, il existait2 cas homozygotes pour lesquels le type de mutation et la nomenclature n’était pas précisées [1,18].
– Hétérozygote composite dans 31 cas, soit 41,4 % des génotypes déterminés. D’autres part, il existait cas décrits comme hétérozygotes pour lesquels le type de mutation et la nomenclature n’était pas précisées [6,7,12]. De plus, dans un cas, le type de mutation n’était pas connue : dans le cas de Langlois et Al. [25], le patient était hétérozygote composite avec une mutation identifiée comme non sens, et une autre mutation responsable de p. Gly173Asp. Cette dernière provoquée par la mutation NM_001288951.1 n’avait pas été signalé auparavant.

Nous rappelons que les mutations non sens entrainent une perte de fonction protéique ; les faux sens altèrent la fonction protéique. En annexe, une liste des types des mutations et de leurs nomenclatures en fonction du génotype est proposée.

Phénotypes

Signes pré-nataux

Le terme était défini dans 22 cas : 19 cas était prématurés soit 86% et 3 étaient nés à terme. Le terme médian était de 35 semaines d’aménorrhée (SA) avec des valeurs extrêmes de 23 SA à 41 SA.

Les signes prénataux ont été retrouvés par échographie ou IRM fœtale dans 28 cas. Chaque cas pouvait cumuler plusieurs signes :10 fœtus avaient des calcificationsintestinales (intra-luminales homogènes pour ceux qui était précisés), 11 cas avaient des atrésies intestinales diffuses (dont 3 étaient au niveau du duodénum et jéjunum), 1 cas avait une sténose pylorique avec perforation transverse du colon créant des kystes et une péritonite méconiale [24], 9 cas souffraient de poly hydramnios, 8 cas de dilatation des anses intestinales, 4 cas d’occlusion digestive et 2 cas d’une ascite .

Les données auxologiques à la naissance étaient précisées dans 9 cas, qu’ils soient prématurés ou non .

– Le poids de naissance médian était au 39ème percentile avec un minimum au 1er percentile et un maximum au 50ème percentile (calcul effectué sur 9 cas)
– La taille médiane était au 8,25ème percentile avec un minimum au 0,7ème percentile et un maximum au 50ème percentile (calcul effectué sur 6 cas),
– le périmètre crânien médian était au 20ème percentile avec un minimum au 8,9ème percentile et un maximum au 50ème percentile (calcul effectué sur 3 cas) .

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Table des matières

1 Résumé de l’étude
2 Introduction
3 Matériel et méthodes
3.1 Schéma de l’étude
3.2 Cadre de l’étude
3.3 Description de la population étudiée
3.4 Variables étudiées
3.5 Source des données
3.6 Description des procédures mises en place pour réduire les biais
3.7 Calcul de l’effectif nécessaire de l’étude
3.8 Description et justification des modalités de variables quantitatives
3.9 Aspects éthiques et réglementaires
3.10 Analyse statistique
4 Résultats
4.1 Participants à l’étude : (nombre, raison de non inclusion)
4.2 Données descriptives des participants
Etude systématique de tous les cas publiés dans le monde et relevé sur Pubmed
4.3 Données concernant le critère principal d’évaluation et les autres critères d’évaluation
4.3.1 Données démographiques : (Référence : tous articles)
4.3.2 Génotypes
4.3.3 Phénotypes
4.3.4 Traitements
5 Discussion
5.1 Résultats clés faisant référence aux objectifs de l’étude
5.2 Limites et biais potentiels
5.3 Interprétation
5.4 Généralisation des résultats : discussion de cette possibilité
5.5 Conclusion avec perspectives de travail
Conclusion
6 Références bibliographiques