Soutenance mémoire
Les gastro-entérites
Les gastro-entérites en zone tropicale représentent un problème majeur de santé publique, car elles constituent l’une des principales causes de mortalité infantile dans les pays démunis. Les diarrhées aiguës, motif fréquent de consultation en médecine de premier recours, avec une prévalence de 1 à 2 épisodes/personne/an, sont en constante augmentation. Chaque année en Afrique, en Asie et en Amérique latine, quelques 750 millions d’enfants de moins de cinq ans sont atteints de diarrhée aiguë et 3 à 6 millions en meurent dans 80 % des cas avant l’âge de 2 ans. a. Définition C’est une infection du système digestif qui survient brutalement et qui provoque souvent des vomissements et de la diarrhée. En pratique clinique et selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), on parle de diarrhée lorsqu’il y a au moins trois selles, très molles à liquides, par jour. b. Causes et différents types Les étiologies sont essentiellement infectieuses : intoxication alimentaire, agents viraux, bactériens et/ ou parasitaires. Le tableau I de la page suivante montre les potentiels agents responsables qui peuvent causer ce désagrément. Parmi les infections entérales, on peut distinguer 3 groupes de germes correspondant à 3 mécanismes différents : – les diarrhées toxiniques qui ne provoquent pas de modifications morphologiques des entérocytes. Dans ce cas, les bactéries restent dans la lumière intestinale et secrètent une entérotoxine qui s’applique sur les cellules et qui provoque une augmentation considérable de la sécrétion d’eau et de sodium. Les bactéries en question s’agissent le plus souvent de colibacilles entérotoxiniques, et plus rarement des vibrions cholériques. – Les diarrhées invasives se traduisent par l’envahissement de la muqueuse par des bactéries. Ce qui résulte à un micro-abcès et une ulcération. Les bactéries responsables s’agissent le plus souvent des shigelles, des salmonelles, et de Campylobacter jejuni. L’infection se manifeste par des fièvres et douleurs abdominales et par l’émission de selles qui peuvent êtres glaireuses, sanglantes ou purulentes. 5 Source : GENTILINI et al, 1991 – Les diarrhées à virus déterminent une desquamation de la muqueuse par infection et destruction des entérocytes de l’intestin grêle. Les villosités intestinales sont raccourcies avec mal absorption transitoire des graisses et des disaccharides. Les rotavirus cosmopolites engendrent 20 à 40 % des diarrhées aiguës hospitalisées en pays tropical, 40 à 60 % d’entre elles dans les pays tempérés. Tableau I. Agents responsables des diarrhées infectieuses aiguës sous les tropiques (d’après Carpenter) DIARRHEES ENTEROTOXINIQUES CAS Sécrétoires – Escherichia coli entérotoxinique – Vibrio cholera – Autres vibrions Non sécrétoires – Staphylococcus aureus – Clostridium perfrigens – Clostridium difficile – Bacillus cereus – 25-70% – Variable – 1-3 % – <5 % – <5 % – <2 % – <2 % DIARRHEES INVASIVES CAS Bactériennes – Shigella – Salmonella – Echerichia coli entéro-invasifs – Campylobacter jejuni – Yersinia enterocolitica – Bacillus anthracis Virales – Rotavirus – Virus Norwalk – 5-25 % – 1-2 % – 1-2 % – 3-15 % – 1-2 % – <1 % 6 c. Symptomatologie Perte d’appétit, crampes abdominales, nausées, vomissements, diarrhées aqueuses, fièvre, maux de tête et fatigue sont les symptômes les plus fréquents des gastro-entérites. Le tableau II suivant montre les symptomatologies des principales diarrhées bactériennes selon la nature de l’agent infectieux. Au moins 3 signes cliniques Diurèse Un peu diminuée <1ml/Kg/h Très <1ml/Kg/h (rares urine dans les couches) Etat de conscience Normal Normal ± agitation ± léthargique mais normal possible Yeux Normaux Orbites creusées Yeux cernés Orbites profondément creusées Pli cutané Normal Persistant Persistant Fontanelle Normale Déprimée Déprimée Extrémités Chaudes Normales Froides et marbrées Pression artérielle Normale Normale Normale à basse Fréquence cardiaque Normale Augmentée >150/mn Augmentée >150/mn. Une bradycardie peut être présente en cas de déshydratation importante Amplitude du pouls Normale Normale à un peu diminuée Assez diminuées Le tableau IV montre les manifestations cliniques des cas pouvant mener à des complications (cas à surveiller de près : red flags ou drapeau rouge). 8 Tableau IV. Red flags ou drapeau rouge (d’après RL, VanGilder T, Steiner TS et al) Signes digestifs Diarrhée hémorragique (selles muco-sanguinolantes) Douleurs abdominales sévères ou péritonisme Signes généraux Température ≥38.5°C, choc septique Durée prolongée > 3 jours Déshydratation, hypovolémie, confusion, vomissements abondants et/ou impossibilité d’ingérer des liquides. La manifestation de l’un de ces signes cliniques implique l’hospitalisation du patient suivie des examens complémentaires pour traiter la maladie. Parmi les situations des patients qui peuvent présenter un potentiel risque de complication, on distingue les cas suivants : Âges extrêmes : nourrisson/personne âgée > 65ans Prothèse endovasculaire Traitement immunosuppresseur Utilisation récente d’antibiotiques Hospitalisation récente Relations homosexuelles Femmes enceintes (GUERRANT et al., 2011)
Prophylaxie générale des gastro-entérites
Dans la plupart des cas, une prise en charge symptomatique est la première mesure adéquate adoptée par les médecins. Le tableau VI ci-après montre un résumé des traitements symptomatiques. Mais dans tous les cas, la réhydratation est essentielle, il s’agit le plus souvent de réhydratation orale à l’aide d’une solution « salée-sucrée » type OMS (pour un litre d’eau : 20g de glucose ou 40g de sucre ; 3,5g de NaCl ; 1,5g de KCl ; 2,5g de bicarbonate ou de citrate). L’intérêt des ralentisseurs du transit, des anti-sécrétoires, des absorbants est limité en opposition à la lopéramide (Imodium®) qui a l’avantage d’être à la fois antipéristaltique et anti sécrétoire. Un traitement antibiotique doit être considéré d’emblée en présence de signes et symptômes de gravité et chez les patients à risque. Dans toute autre situation, et si la recherche de leucocytes et/ ou de sang dans les selles est négative, une thérapie uniquement symptomatique est généralement suffisante. Une nouvelle évaluation clinique s’impose dans les 72h afin d’ajuster les mesures entreprises et le traitement antibiotique selon l’antibiogramme, s’il a été demandé. Par ailleurs, pour prévenir ces infections, une hygiène du circuit alimentaire et un maintien des températures réglementaires sont à respecter. Il est entre autre important d’éduquer, de surveiller et de contrôler le personnel de la chaine alimentaire : hygiène des mains, tenue, éviction des personnes présentant des symptômes d’infection, recherche des porteurs asymptomatiques…. Les TIAC sont très fréquentes, y compris dans les pays à haut niveau de vie économique. Elles sont en rapport avec la consommation d’aliments contaminés par certaines bactéries ou leurs toxines. Elles peuvent survenir en milieu collectif ou familial. Les collectivités habituellement concernées sont les crèches, les hôpitaux et les restaurants de collectivités
Approche historique : découverte du monde microbien
La taille moyenne d’une bactérie (microbe) va de deux microns à un demi-micron (un micron est égal à un millième de millimètre) ; autrement dit, sur une ligne de un millimètre de long, on pourrait aligner 500 microbes à 2000 microbes côte à côte. Pour pouvoir observer ces êtres invisibles à l’œil nu, il a fallu que l’homme invente le microscope. En effet, en 1673, Antony Van Leeuwenhoek (1632-1723) qui est un hollandais marchand de tissus, en utilisant un microscope rudimentaire qu’il a fabriqué lui même, a découvert pour la première fois le monde des micro-organismes. Il a été le premier à décrire ce nouveau monde qu’il a appelé «le Monde des animalcules». Ce n’est que deux siècles plus tard que le rôle des bactéries dans les processus de fermentation et dans la transmission des maladies a été découvert et que leur étude a commencé. Les scientifiques les plus illustrés de cette époque étaient Louis Pasteur et Robert Koch.
Les micro-organismes dans les aliments
Les micro-organismes pathogènes présents dans les aliments, dans l’environnement ou bien dans les matières fécales sont généralement en petit nombre : de l’ordre de 10 000/g dans les aliments cuits, moins de 5000 micro-organismes/ml dans le lait (FAO, 1995), et peuvent entrer en concurrence avec une flore saprophyte, abondante dans certaines matrices alimentaires. Etant donné les conditions de traitement et de conservation des aliments, les bactéries peuvent être stressées. Pour isoler les bactéries, l’analyse microbiologique classique des aliments nécessite donc plusieurs étapes successives, ce qui entraîne un temps de réponse relativement important (VARNAM A et al., 1996). La recherche de Salmonella sp dans les denrées alimentaires et les échantillons environnementaux fait l’objet d’une procédure normalisée au niveau international (norme ISO 6579). Cette recherche nécessite des phases de préenrichissement, puis d’enrichissement sélectif, suivies d’une étape d’isolement sur des milieux sélectifs spécifiques, et enfin d’identification biochimique et sérologique. L’ensemble de ces opérations a besoin d’un délai de temps compris entre 3 et 5 jours. Concernant le choix des milieux de cultures, les entérobactéries poussent facilement sur les milieux ordinaires en 24 heures à 37°C, en milieu facultatif aérobiose ou anaérobiose. Leurs exigences nutritionnelles sont, en général, réduites et la plupart se multiplient en milieu synthétique avec une source de carbone simple comme le glucose (WALTMAN W, 2000). Sur milieux gélosés, les colonies d’entérobactéries sont habituellement lisses, brillantes, de structure homogène (type « smooth » ou S). Cet aspect peut évoluer après cultures successives pour donner des colonies à surface sèche et rugueuse (type « Rough » ou R) (GRAY, 1956).
Concernant le protocole adopté pour la recherche des salmonelles
Les étapes à suivre pour la recherche de salmonelle dans notre cas suit la norme ISO 6579. Cette norme impose plusieurs étapes consécutives concernant le traitement des échantillons. Ces étapes, étant exposées dans la partie « matériels et méthodes », fait intervenir l’utilisation de plusieurs milieux de culture de nature différente. Par ailleurs, dans une étude faite par Christian Stephan SECKE concernant l’étude de la qualité bactériologique des aliments vendus sur la voie publique de Dakar en 2007, la méthode utilisée dans la recherche des bactéries suit la norme AFNOR (Association Française de Normalisation). Cette norme décrit des méthodes horizontales pour les analyses microbiologiques. Les étapes à suivre dans cette méthode sont presque les mêmes que pour celles de la norme ISO 6579. Seulement, pour l’enrichissement sélectif, au lieu d’utiliser le milieu MKTTn, on utilise la solution de Sélénite-Cystine (SC). A part cette remarque, tous les autres étapes restent les mêmes.
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Table des matières
Introduction générale
I. Synthèse bibliographique
I.1. Contexte
I.1.1. Situation de Madagascar vis-à-vis de la sécurité alimentaire et enjeux du ministère de l’élevage
I.1.2. Gastro-entérites, toxi-infection alimentaire collective
I.1.2.1. Les gastro-entérites
I.1.2.2. La salmonellose
I.1.2.3. TIACs (Toxi-Infections Alimentaires Collectives)
I.1.2.4.Prophylaxie générale des gastro-entérites
I.2. Concept : généralités sur les bactéries
I.2.1. Approche historique : découverte du monde microbien
I.2.2. Classification et structure des bactéries
I.2.2.1. Place des microorganismes dans le monde vivant
I.2.2.2. Structure des bactéries
I.2.2.3. Le genre Salmonella
I.2.3. Culture in vitro des bactéries: milieux et conditions
II. Matériels et méthodes
II.1. Matériels
II.1.1. Matériels d’étude
II.1.2. Matériels pour les analyses microbiologiques
II.1.3. Matériels pour le traitement des données
II.2. Méthodes
Cadre d’étude
Type d’étude
Période d’étude
Population étudiée
Technique d’échantillonnage
II.2.1 Choix et collecte des échantillons
II.2.2. Tests biologiques et identification
II.2.3. Méthode de traitements des données
Les variables étudiés
Méthode de collecte des données
Méthode de traitement des données
III. Résultats et discussions
III.1. Résultats de l’identification bactérienne
III.1.1. Résultats des cultures sur milieux liquides
III.1.2. Résultats des cultures sur milieux gélosés
III.1.3. Identification individualisée : tests biochimiques
III.2. Contamination des viandes sur étals et des plats cuits
III.2.1. Prévalence de la contamination des viandes
III.2.2. Facteurs de risque associés à la contamination des viandes sur étals
III.2.3. Facteurs de risque associés à la contamination des plats cuits
a. Cas de contamination en salmonelle des plats cuits : saison humide
b. Cas de contamination en salmonelle des plats cuits : saison sèche
III.3. Discussion
III.3.1. Identification bactérienne
III.3.2. Comparaison de la contamination des plats cuits et des viandes sur étals
IV. Suggestions et intérêts pédagogiques
IV.1. suggestions
IV.2. Intérêts pédagogiques
V. Conclusion générale
Bibliographie
Annexes
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