Soutenance mémoire
Les Infections Sexuellement Transmissibles (IST) constituent un problème majeur de santé publique tant par leur fréquence que par leur morbidité avec environ 357 millions de cas chaque année (www.who.int/mediacentre/factsheets/fs110/fr/, consulté le 16-07- 2016) Parmi les agents bactériens responsables des IST, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis et Mycoplasma genitalium occupent une place importante. Sur le plan diagnostic, seul N. gonorrhoeae est cultivé sur milieu acellulaire tandis que C. trachomatis et M. genitalium exigent soit une culture cellulaire soit la biologie moléculaire. Les méthodes immuno-fluorescence directe (IFD), immunochromatographiques (ICT) et immuno-enzymatiques (EIA) ne sont plus recommandées pour le diagnostic direct de C. trachomatis (11).
La culture cellulaire pour C. trachomatis n’est pas recommandée pour le diagnostic du fait de sa sensibilité et de sa dépendance en quantité de corps élémentaires (CE) présents dans l’échantillon, cependant elle garde son importance pour l’isolement de la souche et les tests de sensibilité aux antibiotiques. Concernant M. genitalium, la culture cellulaire est fastidieuse et de mauvaise sensibilité.
Généralités sur Chlamydia trachomatis et Mycoplasma genitalium
Chlamydia trachomatis
Les chlamydiae constituent un petit groupe de bactéries coccoïdes non mobiles qui sont des parasites intracellulaires obligatoires des cellules eucaryotes. La cellule bactérienne de Chlamydia est incapable de mener à bien le métabolisme énergétique et manque de nombreuses voies de biosynthèse ; elle est donc entièrement dépendante de la cellule hôte pour leur fournir de l’ATP et d’autres molécules intermédiaires. En raison de leur dépendance à l’égard des machines de biosynthèse de l’hôte, les Chlamydiae ont été initialement pensés pour être des virus; cependant, ils ont une paroi cellulaire et contiennent l’ADN, l’ARN et les ribosomes, et par conséquent doivent être classés comme des protistes inférieurs ou procaryotes c’est-à-dire des bactéries (113).
Taxonomie
Historique
En 1906, Haelberstaeder et Von Prowazek découvraient des inclusions dans les frottis conjonctivaux de trachomateux. En 1964, Moulder montrait que ces micro-organismes sont des bactéries à développement intracellulaire. Elles ont été désignées tour à tour sous les noms de : Bedsonia, Myagawanella, neorickettsie. L’ordre des Chlamydiales (du grec= petite casaque) comprenais la famille des Chlamydiaceae. Les Chlamydiaceae ont été séparées des rickettsies en 1970. En 1989 les souches TWAR ont été désignées comme C. pneumoniae et, en 1992, C. pecorum a été individualisée.
Classification de la bactérie
Grâce à une application plus large des outils de la biologie moléculaire et à la découverte d’autres microorganismes appartenant à l’ordre des Chlamydiales, la classification au sein de cet ordre a subi, au cours des dernières années, des changements importants (35). Aujourd’hui, on distingue 4 familles dans l’ordre des Chlamydiales à savoir:
● les Simkaniaceae.
● les Parachlamydiaceae.
● les Walddliaceae.
● les Chlamydiaceae.
La famille des Chlamydiaceae est aujourd’hui classifiée en 2 genres qui regroupent au total 9 espèces à savoir :
● le genre Chlamydia correspondant au groupe trachomatis (3 espèces).
● le genre Chlamydophila correspondant au groupe psittaci (6 espèces) .
Ces 9 espèces sont classifiées sur la base des homologies de séquences :
● de l’opéron ribosomal ; dans l’étude des homologies interspécifiques de séquence de l’opéron ribosomal, des valeurs supérieures à 95% indiquent l’appartenance à un genre et des valeurs supérieures à 98% indiquent l’appartenance à une espèce.
● du gène codant la protéine majeure de la membrane externe ou Major Outer Membrane Protein (MOMP) .
Ces 9 espèces sont également classifiées selon d’autres critères comme :
➤ la production de glycogène en quantité détectable par la coloration du Lugol.
➤ la taille du génome.
➤ le nombre d’opérons ribosomaux par génome.
➤ les caractères bioécologiques tels que la spécificité d’hôte.
Caractère bactériologique
Morphologie
Ce sont des bactéries immobiles à Gram négatif. Elles possèdent une membrane externe contenant un lipopolysaccharide, un peptidoglycane mais sans acide muramique. Les chlamydiae existent dans la nature sous deux formes : une forme non réplicative qui est une particule infectieuse appelée le corps élémentaire (CE) mesurant 0,25 à 0,3 μm de diamètre et une forme intra-cytoplasmique appelée le corps réticulé (CR), de 0,5 à 0,6 μm de diamètre. Le corps réticulé se livre à la réplication et la croissance. La forme non replicative est libérée par les cellules infectées rompues et peut être transmis d’un individu à l’autre (C. trachomatis, C. pneumoniae) ou par des oiseaux infectés à l’homme (C. psittaci) .
Une partie du noyau (N) et les mitochondries (M) peuvent également être considérées (112). Les deux formes du cycle de vie possèdent une enveloppe de cellule qui se compose d’une membrane externe et une membrane interne avec un manque ou un déficient en peptidoglycane. (Fig.3) En dépit de cette carence, les CE sont osmotiquement stables, bien que les CR soient facilement lysés par traitement ultrasonique. La principale protéine de la membrane externe (MOMP) du CE d’environ 40 kilodaltons (kDa) comprend au moins trois protéines riches en cystéine (un doublet de 60 kDa et un peptide de 12 kDa),11 lesquelles sont largement réticulées de liaisons disulfures pour former un réseau supra macromoléculaire. En revanche, la membrane externe du CR est déficiente en protéines riches en cystéine, et la MOMP du CR n’est pas beaucoup réticulée .
Le corps élémentaire, qui est couvert par une paroi cellulaire rigide, contient un génome d’ADN d’un poids moléculaire de 66 x 10⁷ (environ 600 gènes). Un plasmide cryptique d’ADN (7,498 paires de bases) est également présent. Il contient un cadre de lecture ouvert d’un gène impliqué dans la réplication de l’ADN. En outre, le corps élémentaire contient une polymérase responsable de la transcription du génome de l’ADN après l’entrée dans le cytoplasme de la cellule hôte et l’ouverture du cycle de croissance de l’ARN. Tout au long du cycle de développement, le génome, les protéines et les ribosomes sont conservés dans la cellule procaryote membranaire (corps réticulé) .
Structures antigéniques
La structure antigénique des Chlamydia est complexe et les antigènes ont des spécificités de genre, d’espèce et de type.
✦ un antigène de genre : il existe un lipopolysaccharide (LPS) commun aux trois espèces, présent dans la paroi externe et thermostable. Il possède des analogies avec celui de Salmonella ainsi que des réactions antigéniques croisées avec les formes rough (rugueuses).
✦ un antigène spécifique d’espèces : le plus important est la protéine majeure de la membrane externe (MOMP) qui jouerait un rôle de porine. Elle permet de différencier les espèces entre elles. Immunogène puissant, cette protéine est utilisée pour l’élaboration d’anticorps monoclonaux et constitue un candidat potentiel pour la préparation d’un vaccin.
✦ des antigènes spécifiques de types : ils permettent de différencier les 15 sérotypes de C. trachomatis, les multiples sérovars de C. psittaci, et les trois sérovars de C. pecorum. Jusqu’à présent, un seul sérovar de C. pneumoniae est connu.
Les anticorps dirigés contre ces différents antigènes sont décelables par réaction d’immunofluorescence indirecte, par technique ELISA ou par Western-blot. Ils n’ont guère de pouvoir protecteur.
Variabilité antigénique
La MOMP contribue à la rigidité du corps élémentaire et joue un rôle d’adhésion. Par ailleurs, sa position transmembranaire en forme de trimère lui permet de fonctionner comme une porine pour le corps réticulé une fois que les ponts disulfures sont rompus. L’analyse comparative de l’ADN de gènes de MOMP de trois sérotypes différents de C. trachomatis a révélé que la MOMP a quatre régions de variabilité d’acides aminés intercalées entre les cinq régions de conservation d’acides aminés (93). Baehr et al. ont en outre suggéré que les quatre régions de variabilité ont été exposées à la surface et les cinq régions constantes étaient transmembranaires (47). Trois des quatre régions variables ont été identifiées comme des sites antigéniques sur la surface de l’organisme entier, en utilisant des anticorps monoclonaux (47). Le modèle d’organisation de la MOMP basé sur le profil hydrophobe des acides aminés déduits de la séquence nucléotidique prévoit l’exposition externe des quatre régions variables. En utilisant des techniques immunologiques, il a été démontré que la région variable I et la région variable II portent les déterminants antigéniques pour la formation d’anticorps spécifiques des sérotypes tandis que la région variable IV induit la formation d’anticorps spécifiques des sérogroupes et des espèces. Le séquençage de ces régions a donc permis de définir de nouveaux sérovars. Ces nombreux types antigéniques favoriseraient les réinfections. L’existence de domaines variables de la protéine permettrait une variation antigénique, permettant à la bactérie de contourner la réponse immunitaire de l’hôte (23).
Cycle de développement
Dans les infections des voies génitales, C. trachomatis se réplique principalement dans l’épithélium de l’urètre de l’homme et dans l’endocol de la femme provoquant une inflammation, un œdème, et une décharge de la muqueuse. Chlamydia affiche un cycle de développement biphasique (Fig. 4). Les corps élémentaires (CE) des bactéries adhèrent et envahissent des cellules hôtes épithéliales. Le compartiment phagocytaire naissant est rapidement modifié par les protéines dérivées de Chlamydia pour générer une vacuole parasitophore appelée inclusion. Dans l’inclusion, le CE se différencie en CR; la forme métaboliquement active et réplicative de l’agent pathogène. Les CR se divisent par fission binaire, l’inclusion se dilate et à mi-parcours le cycle infectieux commence à se différencier de nouveau de manière asynchrone dans la forme CE. Les CE nouvellement formés sont finalement libérés par lyse et/ou extrusion cellulaire pour initier de nouveaux cycles infectieux .
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Table des matières
INTRODUCTION
Chapitre 1: Généralités sur Chlamydia trachomatis et Mycoplasma genitalium
A/-Chlamydia trachomatis
1. Taxonomie
1.1. Historique
1.2. Classification de la bactérie
2. Caractère bactériologique
2.1. Morphologie
2.2. Structures antigéniques
2.3. Variabilité antigénique
3. Cycle de développement
4. Pathogénie
4.1. Habitat et Mode de transmission
4.2. Physiopatologie
4.3. Facteur de virulence
5. Manifestations cliniques
5.1. Les infections génitales basses
5.2. Les infections génitales hautes
5.3. La lymphogranulomatose vénérienne (LGV)
5.4. La proctite
5.5. Syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter
5.6. Trachome
6. Épidémiologie
7. Diagnostic Biologique
7.1. Diagnostic direct
7.2. Diagnostic indirect ou diagnostic sérologique
8. Traitement
8.1. Sensibilité et résistance naturelle
8.2. Résistance acquise
B/-Mycoplasma genitalium
1. Taxonomie des Mycoplasmes
1.1. Historique
1.2. Classification
2. Caractères Bactériologiques
2.1. Morphologie
2.2. Croissance
2.3. Métabolisme
2.4. Structure antigénique
3. Pathogénie
3.1. Habitat
3.2. Physiopathologie
4. Manifestations cliniques
4.1. Infections génitales chez les hommes
4.2. Infections gynécologiques
5. Epidemiologie
6. Diagnostic
7. Le portage asymptomatique
8. Sensibilité et Traitement antibiotique
8.1. Résistance intrinsèque
8.2. Antibiotiques actifs
8.3. La résistance acquise
Chapitre 2: Validation de méthode selon les normes du COFRAC
1. La Répétabilité
2. La Contamination
3. Comparaison des méthodes
4. La Fidélité intermédiaire (reproductibilité intra-laboratoire)
5. Interférences et spécificité analytique
6. La Justesse
CONCLUSION
