7MODA
L‘hépatite est une inflammation du foie qui peut être causée par plusieurs agents, notamment l’alcool, les drogues, certaines toxines, et des agents infectieux entre autres les virus de l‘hépatite. On distingue les virus de l‘hépatite A, B, C, D ou E. Principalement les virus de l‘hépatite A et E entrainent une hépatite aiguë sans passage à la chronicité. Les infections engendrées par les hépatites B et C peuvent évoluer vers la chronicité pouvant entrainer une cirrhose ou un cancer du foie. Quant au virus de l‘hépatite D, sa propagation nécessite la présence du virus de l‘hépatite B. Il a été estimé qu‘en 2010, 2 milliards de personnes ont été infectées par le virus de l‘hépatite B dans le monde et 240 millions de personnes en sont porteurs chroniques, risquant ainsi le développement des complications telle qu‘un carcinome hépatocellulaire (CHC). En outre, selon l‘Organisation Mondiale de la Santé (OMS), environ 780 000 décès liés aux infections par le virus de l‘hépatite B sont enregistrés chaque année (OMS, 2014).
GENERALITES
Historique du virus de l’hépatite B
Les premières études de la maladie causée par le virus de l‘hépatite B datent de 1885 où Lurman et ses collaborateurs ont rapporté des cas de jaunisse suite à une vaccination contre la variole (Lurmann, 1885). Ils ont prouvé que ces jaunisses sont causées par la lymphe humaine utilisée dans les vaccins. La notion d‘hépatite transmise de façon parentérale par du sérum humain a été soulignée par MacCallum et ses collaborateurs dans les années 1930. Effectivement, des personnes recevant un vaccin contre la fièvre jaune et contenant du sérum humain développent également une jaunisse. En 1947, cette même équipe différencie l‘hépatite A de l‘hépatite B (Maccallum, 1947). Il attribue ainsi le terme d‘hépatite A pour l‘hépatite contagieuse, transmise par voie oro-fécale, à incubation courte et le terme d‘hépatite B pour l‘hépatite sérique transmise par le sang et à incubation longue.
C‘est en 1963 que l‘antigène « Australia », identifié comme agent responsable de l‘hépatite B, fut découvert par Dr. Baruch Blumberg (Blumberg et al., 1965). Puis en 1970, Dane et ses collaborateurs ont visualisé au microscope électronique les particules du virus infectieux, les virions, appelées maintenant particules de Dane (Dane et al., 1970).
Classification du virus
Le virus de l‘hépatite B appartient à la famille des HEPADNAVIRIDAE. Cette famille de virus regroupe deux genres : les Avihepadnavirus et les Orthohepadnavirus. Ce dernier, comprend le virus de l‘hépatite B humaine, ceux des rongeurs comme celui de la marmotte, le woodchuckhepatitis virus (WHV), celui de l‘écureuil, le groundsquirrelhepatitis virus (GSHV) ou l‘articsquirrelhepatitis virus (ASHV). Ce genre comprend aussi les virus retrouvés chez les singes : ChHBV (chimpanzé), GoHBV (gorille), OuHBV (orang-outan), GiHBV (gibbon) et WMHBV (singe laineux). Quant au genre des Avihepadnavirus, il comprend les virus retrouvés chez les oiseaux comme celui du canard (DHBV), celui du héron (HHBV) et celui de l‘oie, ross‘sgoosehepatitis B virus (RGHBV).
L‘absence de la protéine HBx et la protéine de surface M différencie ces virus de ceux des Mammifères (Funk et al., 2007).
Structure des particules virales du VHB
Il existe trois types de particules virales observés au microscope électronique dans le sérum des patients infectés : les particules de Dane, les sphères et les bâtonnets (Dane et al., 1970) .
Les sphères et les bâtonnets
Il s‘agit des particules subvirales non infectieuses de 22 nm de diamètre. Elles représentent les particules les plus abondantes dans le sang, de 10 000 à 1000000 fois plus nombreuses que les particules de Dane. Elles faciliteraient la dissémination du virus et son maintien dans l‘organisme en réduisant le pool d‘anticorps neutralisants (Patient et al., 2009).
Les particules de Dane
Les particules de Dane correspondent aux virions complets infectieux, avec un diamètre de 42 nm. Une particule virale est composée de:
✔ Une enveloppe portant 3 glycoprotéines de surface : les protéines L (Large), M (Middle) et S (Small).
✔ Une capside icosaédrique formée par l‘assemblage de la protéine Core
✔ Un génome viral correspondant à un ADN circulaire partiellement double brin appelé ADNrc (relâché circulaire) associé à la polymérase virale.
✔ Une polymérase virale présentant les activités de :
● Polymérase ARN-dépendante (enzyme reverse transcriptase)
● Polymérase ADN-dépendante (utile lors de la réplication)
● Et une RNase H .
Organisation génomique du VHB
Le génome viral contenu dans les particules de Dane est un ADN circulaire relâché, partiellement double brin appelé ADN-RC de poids moléculaire d‘environ 3,2 kb. L‘ADN-RC est composé d‘un brin complet long qui est le brin (-), et d‘un brin court qui est le brin (+). Le brin négatif (-), long et de longueur constante, est le brin transcrit. Il possède en son extrémité 5‘ une courte redondance terminale de 9 bases qui chevauche l‘extrémité 3‘, et présente donc à cet endroit une courte interruption de séquence appelée « gap ». Le brin positif (+), court, non codant, est incomplet et s‘étend sur les 2/3 du génome avec une extrémité 5‘ bien définie mais une extrémité 3‘ variable. Il porte un oligonucléotide de 18 bases. La circularité du génome est assurée par l‘appariement des extrémités 5‘ de chaque brin sur une longueur de 200 nucléotides, appelée région cohésive. En outre, le génome contient de part et d‘autre du gap, deux séquences répétées de 10 à 12 bases, appelées DR1 et DR2 (DR=Direct Repeat), qui sont essentielles pour la réplication du virus.
Le génome possède 4 cadres de lecture ouverts chevauchants ou ORF (Open reading frame) et un site EcoRI se situe au début de la région pré-S2 .
➤ ORF pré-S1/ pré-S2/ S contenant 3 codons d‘initiation et code donc pour 3 protéines de surface : le gène S code pour l‘antigène HBs (AgHBs) ou protéine majeure S (smallprotein), le gène préS2/S code pour la protéine moyenne préS2(medium protein : M) et le gène préS1/préS2/S code pour la grande protéine préS1 (large protein : L).
➤ ORF Pré-C /C (région pré-core et core) code pour deux protéines précoces, précurseurs de l‘antigène HBe (AgHBe) et pour la protéine structurale de la capside Core ou AgHBc.
➤ ORF P code pour la polymérase virale, couvrant 80 % du génome et chevauche donc partiellement ou totalement toutes les autres phases ouvertes de lecture.
➤ ORF X code pour la protéine transactivatrice X .
|
Table des matières
INTRODUCTION
I GENERALITES
I.1 HISTORIQUE DU VIRUS DE L‘HEPATITE B
I.2 CLASSIFICATION DU VIRUS
I.3 STRUCTURE DES PARTICULES VIRALES DU VHB
I.3.1 LES SPHERES ET LES BATONNETS
I.3.2 LES PARTICULES DE DANE
I.4 ORGANISATION GENOMIQUE DU VHB
I.5 LES PROTEINES VIRALES
I.5.1 LES PROTEINES STRUCTURALES
I.5.1.1 Protéines de surface
I.5.1.2 Protéine Core
I.5.2 LES PROTEINES NON STRUCTURALES
I.5.2.1 Polymérase
I.5.2.2 AgHBe
I.6 LE CYCLE VIRAL
I.6.1 ETAPES PRECOCES DU CYCLE DE MULTIPLICATION
I.6.2 FORMATION DE L‘ADN CIRCULAIRE SUPERENROULE
I.6.3 SYNTHESE DES ARN VIRAUX
I.6.4 REPLICATION : FORMATION DE L‘ADN DOUBLE BRIN
I.6.5 SECRETION DES PARTICULES VIRALES
I.7 VARIABILITE GENETIQUE
I.7.1 SEROTYPES
I.7.2 GENOTYPES
I.7.2.1 Définition et classification
I.7.2.2 Répartition géographique mondiale des génotypes
I.8 HISTOIRE NATURELLE DU VHB ET EVOLUTION DES ANTIGENES ET ANTICORPS
I.8.1 HEPATITE AIGUË (POL, 2002)
I.8.2 HEPATITE CHRONIQUE (GISH ET AL., 2015)
I.9 MODE DE TRANSMISSION (KAMMERLANDER ET ZIMMERMANN, 1998)
I.9.1 TRANSMISSION PARENTERALE
I.9.2 TRANSMISSION SEXUELLE
I.9.3 TRANSMISSION VERTICALE (PERINATALE OU MATERNO-FOETALE)
I.9.4 TRANSMISSION HORIZONTALE
I.10 TRAITEMENT
I.10.1 L‘INTERFERON ALPHA PEGYLE
I.10.2 LES ANALOGUES NUCLEOSIDIQUES
I.10.3 LES ANALOGUES NUCLEOTIDIQUES
I.11 VACCIN
I.12 LES DIFFERENTES METHODES DE GENOTYPAGE
II MATERIELS ET METHODES
II.1 SITES D‘ETUDE ET ECHANTILLONNAGE
II.2 RECRUTEMENT DES SUJETS DE L‘ETUDE
II.3 TRANSPORT DES ECHANTILLONS SANGUINS
II.4 ANALYSE BIOLOGIQUE
II.4.1 DETECTION DE L‘ANTIGENE HBS PAR ELISA
II.4.2 GENOTYPAGE DES ECHANTILLONS POSITIFS A L‘ELISA AGHBS
II.4.2.1 Choix de la méthode utilisée
II.4.2.2 Méthode de PCR nichée
II.4.2.2.1 Principe
II.4.2.2.2 Description de la manipulation
II.4.2.2.3 Extraction de l‘ADN du virus de l‘hépatite B
a. Principe
b. Déroulement de la technique
II.4.2.2.4 Technique d‘amplification génique par PCR nichée
a. PCR conventionnelle : première PCR
b. PCR nichée
II.4.2.2.3 Visualisation du produit PCR : Electrophorèse sur gel d’agarose
a. But
b. Principe
c. Déroulement de la technique
i. Préparation du gel d‘agarose
ii. Migration par électrophorèse
iii. Visualisation
II.4.3 METHODE PAR ANALYSE DES SEQUENCES
II.4.3.1 Principe
II.4.3.2 Déroulement de la manipulation
II.4.3.3 Correction des séquences
II.4.3.4 Alignement des séquences
II.4.3.5 Construction de l‘arbre phylogénétique
II.5 ANALYSE STATISTIQUE
III RESULTATS
III.1 ECHANTILLONS ETUDIES
III.2 MISE EN PLACE DE LA TECHNIQUE NAITO
III.2.1 GEL ELECTROPHORESE
III.2.2 EVALUATION DE LA METHODE PCR NICHEE PAR RAPPORT A LA METHODE DE SEQUENÇAGE
III.3 ANALYSE DES SEQUENCES
IV DISCUSSION
CONCLUSION
